Ayasofya, Yunanca ‘agia’ (kutsal )ve ‘sofia’ (bilgelik) sözcüklerinin birleşmesinden meydana gelir. Kutsal bilgelik demektir. Hristiyan Ortadoks inanışına göre tanrının üç sıfatından biridir. Son günlerin popüler tartışma konusu olan Ayasofya’nın ismi buradan gelir. 
Bu anıtsal yapı ilk yapıldığı zamandan beri önemli olaylara tanık oldu. Dini ve siyasi tartışmaların odağında yer aldı. Bizans imparatorlarının taç giyme törenlerine mekan olması ile siyasetin merkezindeydi. 
Din-politika ilişkilerinde baş roldeydi. İşte böyle bir eserden bahsediyoruz. Bugünkü Ayasofya’nın bulunduğu yerde hristiyanlık öncesinde, pagan dönemine ait bir tapınak olduğu söylenir. 
İşte bu kutsal alanda ilk kez bir kilisenin yapımına I. Konstantin zamanında, 337 yılında başlanır. Uzun süren inşaatı ancak oğlu II. Konstantin döneminde 360 yılında tamamlanarak ibadete açılır. 
Megale ekklesia ( büyük kilise) adıyla anılan bu yapıdan hiçbir iz yoktur.  Çünkü, 404 yılında Konstantinapolis Patriği İoannis Hrisostomos ve İmparator Arcadius’un eşi İmparatoriçe Aelia Eudoksia arasında süregelen çatışmadan dolayı patriğin sürgüne gönderilmesi bir isyanın fitilini ateşler, çıkan olaylar sırasında ahşap çatılı kilise tamamen tahrip olur. 
Dini ve siyasi fikir ayrılıklarının neden olduğu bir isyanla, ilk kilise tarih sahnesinden böylece silinmiş olur. Aynı alanda ikinci kilisenin yapımına başlandığında tahtta  II. Theodosius vardı. 415 yılında ilkine göre daha büyük ve görkemli olan Ayasofya kilisesi tamamlanarak ibadete açılır. 
Mimar Rufinus tarafından ilk kiliseye yakın bir mimari çizgide inşaa edilmiştir. Bazilika planlıdır. Ne yazık ki ikinci kilise de bir ayaklanma sonucu yakılıp yıkılır. 532’deki bu isyan, kentin o güne kadar gördüğü en büyük ayaklanma olan Nika (kazanan sen ol) isyanıdır. 
Öyle ki neredeyse İmparator Justinianus şehirden kaçmak zorunda kalıyordu. Eşi Theodora’nın cesareti ve desteğiyle, isyancılar elebaşları ile birlikte hipodromda idam edildi. Otuz bin kişinin öldürüldüğü söylenir. Bu sırada Ayasofya dahil birçok yapı yerle bir olur. 
Nika ayaklanmasının ardından İmparator Justinianus bugünkü Ayasofya’nın inşaasının başlamasını emreder. Tarihin en görkemli katedralini inşaa etmek isteyen İmparator, hiçbir masraftan kaçınmadı. Dönemin iki önemli ismi olan Miletli fizikçi İsodorus ve Trallesli Matematikçi Anthemius yapının mimarları olarak tayin edilir. 
Fakat Anthemius bir yıl sonra öldüğü için inşaatı İsodorus bitirir. 
Süleyman mabedinin Ayasofya’nın mimarisine ilham kaynağı olduğu söylenir. On bin işçinin çalıştığı proje , beş yıl gibi kısa bir sürede tamamlanır. Justinianus dönemin en büyük mabedini inşaa etmeyi başarmıştır. Görkemli açılışı sırasında halka seslenen Justinianus, "Ey Süleyman seni geçtim!” diyerek, o zamana kadarki en büyük tapınak olarak kabul edilen, Büyük Süleyman mabedine atıfta bulunur. 
Yapımında kullanılan her malzeme özenle seçilmiş, imparatorluk sınırlarının farklı bölgelerinden getirilerek kullanılmıştır. Mısır, Yunanistan, Lübnan, Efes gibi bölgelerden getirilen pagan döneme ait yapı parçaları adeta hristiyanlığın Paganizme zaferinin simgeleri olarak Ayasofya’da yerlerini alıyordu. 
Kubbesi uzunca bir dönem dünyanın en büyüğüydü. Böylece 23 Aralık 532'de başlayan yapım çalışması 27 Aralık 537’de tamamlanarak Ayasofya ibadete açıldı. Çeşitli dönemlerdeki depremlerle zarar gören yapı, birçok kez restorasyon ve tamir gördü. 1204-1261 yılları arasında latinler tarafından istila edilen kentte, Ayasofya Roma Katolik kilisesine bağlandı. 916 yıl boyunca hristiyanlığa hizmet eden Ayasofya, 1453’te Fatih’in İstanbul’u fethiyle camiye çevrilir. 
Fatih gibi bir padişahtan beklendiği gibi , tarihi ve dini hassasiyetler gözetilerek yalnızca dini motiflerin üzeri ince bir sıva ile kapatıldı. Bu sayede duvarlardaki mozaiklere doğal bir koruma kalkanı sağlanmış oldu. Bu nedenle bugün Ayasofya’nın muhteşem mozaiklerini bu kadar güzel halleriyle görebiliyoruz. Fatih devrinde bir, II. Beyazıt döneminde bir, II.Selim zamanında iki olmak üzere toplam dört minare eklenerek , dört minareli bir camiye dönüştürülmüştür. 
Tam 481 yıl cami olarak müslümanlara hizmet vermiştir. Mimar Sinan’ın başarılı depreme karşı güçlendirme çalışmalarının katkısı yadsınamaz. Bu sayede Ayasofya günümüze kadar zarar görmeden ulaşmıştır. Cumhuriyetle birlikte Bakanlar kurulunun 24 Kasım 1934 tarih ve 7/1589 sayılı kararıyla müzeye çevrilmiştir. 
1 Şubat 1935’te ziyarete açılan müzeyi Atatürk 6 Şubat 1935 tarihinde ziyaret etmiştir. Sahte imza tartışmalarıyla konuyu başka bir tarafa çekmenin kimseye faydası olmaz. 
Böylesi önemli bir kararın Atatürk’ten habersiz alınması mümkün değildir. Belli ki hem içerde hem dışarda birçok tartışmanın önüne geçilmesi amaçlanmıştır. 
Kritik bir hamle ile süregelen birçok anlaşmazlığın sembolik de olsa barışla neticelendirilmesi hedeflenmiştir. Bu arada Türkiye’nin en çok ziyaret edilen müzesidir. 
Tekrar camiye dönüştürülme konusu elbette iktidarın tasarrufundadır. Türkiye cumhuriyetinin mülkü olan bir eserle ilgili alınacak karar, tabii ki başka ülke veya odakların telkin ve tehditleriyle verilemez. Ancak, hristiyanlık öncesi pagan tanrıların izlerini de barındıran, tüm dünyanın odağında yer alan böylesi bir evrensel eserin müze olarak kalması bana daha doğru bir tercih gibi geliyor. 
Diğer taraftan belirli dönemlerde siyasi bir  aparat olarak kullanılmasının önüne geçilmesi için bir yol bulunması gerekiyor.